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Asteraceae Genomic Research Platform

Gene Search

Example:
Example:

Hierarchical alignments with the Vitis vinifera genome as reference

  Inter-genomic and intra-genomic comparisons can help reveal the structural complexity of Asteraceae genomes. We used Vitis vinifera as a reference, and by comparing homologous gene locus maps and Ks values between Vitis vinifera and other Asteraceae, we could separate orthologous and paralogous genes produced by different polyploidization in the species genomes. We constructed a 219×23,647 macro-matrices.
Select Vivi_1 Arla_1 Armi_1 Sain_1 Ceso_1 Cati_1 Ccar_1 Cien_1 Cich_1 Lssa_1 Laca_1 Tako_1 Tamo_1 Pslu_1 Lomi_1 Lomi_2 Enbr_1 Ecan_1 Soca_1 Glco_1 Artr_1 Aary_1 Aary_2 Aann_1 Chma_1 Chmo_1 Chmo_2 Chmo_3 Chla_1 Chna_1 Cind_1 Pdy_1 Cobi_1 Hean_1 Bial_1 Bial_2 Dapi_1 Dapi_2 Hetu_1 Hetu_2 Hetu_3 Amtr_1 Smso_1 Smso_2 Taer_1 Fro_1 Fso_1 Ftr_1 Fra_1 Fli_1 Stre_1 Mimi_1 Cobi_2 Hean_2 Bial_3 Bial_4 Dapi_3 Dapi_4 Hetu_4 Hetu_5 Hetu_6 Amtr_2 Smso_3 Smso_4 Taer_2 Fro_2 Fso_2 Ftr_2 Fra_2 Fli_2
Vivi19g01074 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01075 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01076 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01077 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01078 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01079 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01080 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01081 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01082 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
Vivi19g01083 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
   
Gene_GFF
Select Chromosome Start End Strand Old_gene Gene Num
19 21714926 21715350 + GSVIVT01020300001 Vivi19g01074 1074
19 21721560 21721733 - GSVIVT01020299001 Vivi19g01075 1075
19 21764901 21766518 - GSVIVT01020295001 Vivi19g01076 1076
19 21776088 21779786 - GSVIVT01020294001 Vivi19g01077 1077
19 21801776 21803332 - GSVIVT01020293001 Vivi19g01078 1078
19 21811437 21812969 - GSVIVT01020292001 Vivi19g01079 1079
19 21839338 21841479 - GSVIVT01020290001 Vivi19g01080 1080
19 21850794 21853319 + GSVIVT01020289001 Vivi19g01081 1081
19 21873123 21873615 - GSVIVT01020287001 Vivi19g01082 1082
19 21874071 21876155 + GSVIVT01020286001 Vivi19g01083 1083
       
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